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引言

如果酶具有协同亚基,则酶的速度作为底物浓度函数的图形将显示为S形。Prism提供了一个经验方程来拟合S形曲线。阅读有关酶动力学的高级书籍,了解基于变构作用分子模型的替代方法。

如何输入数据

创建一张XY数据表。将底物浓度输入X,将酶速度输入Y。如果您有若干个实验条件,则将第一个输入A列,第二个放入B列,依此类推。

输入数据后,点击“分析”,选择非线性回归,选择酶动力学方程窗格,然后选择“变构S形酶动力学”

模型

Y=Vmax*X^h/(Khalf^h + X^h)

解读参数

Vmax 为单位与Y相同的最大酶速度,是外推至极高底物浓度的酶速度,因此几乎始终高于实验中测定的任何速度。

Khalf 为产生一半最大酶速度的底物浓度,是EC50。

h 是Hill斜率。h=1时,该方程与标准米氏方程相同。其大于1.0时,由于正协同性,曲线是S形曲线。变量h并不始终等于相互作用结合位点的数量,但是其值不能超过相互作用位点的数量。将h看作是曲线斜度和协同性存在的经验测度。

Kprime 与Km有关,将其计算为Khalf^h,并采用与X相同的单位表示。

方程的替代形式

方程的替代版本(以下所引用的Copeland博士所著书籍中的方程5.47)拟合Kprime。

Y=Vmax*X^h/(Kprime + X^h)

注意,该方程中的Kprime等于Prism内置方程中的Khalf^h。这两个模型生成完全相同的曲线,且仅有报告参数的替代方法。Prism会报告Kprime和Khalf。

参考文献                                                                        

方程5.47,见RA Copeland, 《酶》, 第2版,Wiley,2000。在本参考文献中,Copeland展示了拟合Kprime的方法。通过个人交流,他扩展了该模型,使之可以拟合Khalf。

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