别构调节剂可以减少放射性配体的结合。该模型适合在没有和有调节剂的情况下测量整个放射性配体结合曲线的实验。目的是了解调节剂与其结合位点的亲和力,同时确定三元复合物常数 alpha 的值,该常数可量化调节剂的结合改变放射性配体与受体位点亲和力的程度。
创建 XY 数据表。在 X 中输入标记配体的浓度,使用任何方便的单位(也许是 nM)。在 Y 中输入特异性结合,单位不限。在 A 栏输入不含调节剂的数据,在 B 栏输入以恒定浓度调节剂收集的数据。如果有数据,重复 C、D、E......列,每列使用不同浓度的调节剂。在列标题中输入调节剂浓度(以纳摩尔为单位,因此 1nM 输入 "1")。不要忘记在数据集 A 的列标题中输入 "0"。
在数据表中点击分析,选择非线性回归,选择饱和结合方程面板,然后选择别构调节剂移位。
您无需将任何参数限制为常量。
热=X
Alpha=10^logalpha
KB=10^logKB
KApp=KDHot*((1+Allo/KB)/(1+alpha*Allo/KB))
Y=Bmax*Hot/(Hot+KApp)
Kb是调节剂与其别构调节位点结合的平衡解离常数(摩尔)。它与在数据表标题栏中输入调节剂浓度时使用的摩尔单位相同。
KdHot是放射性配体的平衡解离常数。其单位与输入 X 值时使用的单位相同,本示例中为 nM。
Alpha 是三元复合常数。当 alpha=1.0 时,调节剂不会改变结合。如果 alpha 小于 1.0,则调节剂会减少配体的结合。如果 alpha 大于 1.0,则调节剂会增加结合力。在本示例中,alpha 等于 0.01,因此调节剂会大大降低结合力。
•该模型旨在分析未标记化合物通过别构位点起作用时的数据。由于标记配体和未标记配体通过不同的位点起作用,因此将调节剂称为竞争者是不恰当的(也是不正确的)。
•编写模型是为了拟合 alpha 的对数,而不是 alpha 本身。这是因为 alpha 是不对称的(所有从 0 到 1 的值都意味着调节剂会降低结合力,而所有从 1 到无穷大的值都意味着调节剂会增强结合力。在对数标度上,其值更加对称,因此按对数标度计算的置信区间(如 Prism 所做)更加准确。Prism 同时报告 alpha 和 log(alpha)。
•该模型假定别构调节剂过量存在,因此您添加的浓度与其游离浓度非常接近。当别构调节剂的浓度受到限制时(如 G 蛋白改变激动剂与许多受体的结合时),该模型就不起作用了。任何显式模型都无法处理这种情况。您需要用隐式方程(Y 在等号两边)定义模型,而 Prism 无法处理此类方程。
A.Christopoulos and T. Kenakin, Pharmacol Rev, 54: 323-374, 2002