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PRISM文件格式

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Prism 10引入全新的文件格式,释放Prism文件的巨大潜力 - 无论是在应用程序内部还是外部 - 同时确保从使用Prism旧文件格式到使用Prism新文件格式的无缝过渡。本页旨在介绍我们决定引入新文件格式的理念和动机,并提供一些关于新文件格式组织方式和浏览(如果您选择)方式的技术细节!

理念和动机

我现有的工作呢?

 

新文件格式背后的理念和动机

新文件格式背后的理念和动机

Prism文件包含大量关于工作的有用信息:从原始数据,到选择的分析选项和后续结果,再到创建的自定义图表。但归根结底,这都是的工作。我们认为您应该始终可以完全访问自己的工作。这是引入新prism文件格式的主要动机之一,这样可以更方便地在文件本身中访问这些资产。

从根本上说,新Prism文件格式有哪些变化?首先也是最重要的是,文件的内容不再隐藏或掩盖在专有格式后面。相反,新Prism文件格式中的所有内容均存储在可以充分浏览和举例的结构中(新Prism文件的操作方式很像zip文件)。此外,我们选择采用行业标准方法,存储文件的各组成部分:以CSV格式存储数据,以及采用标准JSON模式存储所有分析参数和结果。最终,这意味着不会把任何内容锁定在只有使用Prism才能访问的文件中。

透明度是关键

验证科学成果是任何研究项目的关键组成部分。这通常意味着使用相同的实验条件、相同的数据收集方法、相同的分析程序重现相同的结果,重新创建或重复已执行的工作。遗憾的是,无法重现结果(尤其是在生物学、生物化学和生物医学研究中)已成为一个普遍问题,称为“再现性危机”。重要的是,此问题往往与结果是否“正确”无关。相反,问题在于数据收集和分析方法缺乏透明度。如果信息不可用或不完整,即使实验过程的微小变化也会导致结果显著不同(因而不可重现)。这是选择将Prism转换为更开放的文件格式的另一原因:针对各项分析选择的各个选项均可与各项参数和计算的分析结果一起使用。从输入数据到最终结果和可视化,Prism文件将为分析工作提供清晰的脉络。

信奉公平的意识形态

2016年,一篇题为“科学数据管理和监督的公平指导原则”的文章发表在《自然》的科学数据杂志上,介绍了公平数据原则的概念。这些原则的目的是提高科学数据的查找性、访问性、互操作性和重用性,这反过来又有助于提高利用数据开展的任何工作的重现性。在向新文件格式过渡的过程中,我们接受许多公平意识形态。Prism文件的任何组成部分(数据、分析参数或结果)均可以位于文件结构中,且可以以任何所需的后续方式重用。

 

我现有的工作呢?

无论您是刚开始使用Prism还是已经使用数十年,保留对您结果的访问权限都十分重要(毕竟,我们选择将新文件格式转移至原始位置的原因!)。因此,我们绝对不希望您无法访问以旧版文件格式(扩展名为.pzfx或.pzf的文件)生成的任何Prism文件。但我们也想确保引入新文件格式时尽可能做到无缝衔接。

这就是在Prism 10中引入“兼容模式”的原因。本质上,Prism 10允许在兼容模式下打开旧格式的文件,而不会出现警告或提示。在兼容模式下打开不会有限制:仍可访问Prism 10提供的所有内容。重要的是,选择保存文件时,Prism将自动检查以确保文件仍与其现有的文件格式兼容。如无兼容性问题,Prism将按照您的期望简单保存文件。如果任何新功能或特性与旧文件格式不兼容,则Prism将列出这些问题,提供如何继续操作的选项(包括以新prism文件格式保存文件)。这些变化确保可以无缝地过渡到使用新文件格式,而不用担心现有的所有工作会发生什么变化。

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