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PRISM 文件格式

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Prism Prism 10 引入了一种全新的文件格式,为 文件在应用程序内外的使用释放了巨大的潜力,同时确保从使用 旧文件格式的过渡几乎是无缝的。本页介绍了我们决定引入新文件格式的理念和动机,还提供了一些技术细节,说明新文件格式是如何组织的,以及如何(如果您选择)探索它!Prism

理念和动机

我的现有作品怎么办?

 

新文件格式背后的理念和动机

更开放、更易获取

Prism 文件包含大量有关您工作的有用信息:从原始数据到您选择的分析选项和随后的结果,再到您创建的自定义图表。但归根结底,这些都是您的工作成果。我们认为,您应该始终拥有完整的访问权限。这也是我们推出新的 .prism 文件格式的主要动机之一,因为这样可以更方便地在文件本身中访问这些资产。

从根本上说,新的Prism 文件格式有何新功能?首先,您的文件内容不再隐藏或掩盖在专有格式之后。相反,新的Prism 文件格式中的所有内容都存储在可以充分探索和检查的结构中(新的Prism 文件的操作方式与 zip 文件非常相似)。此外,我们选择使用行业标准方法来存储文件的每个组件:数据以 CSV 格式存储,所有分析参数和结果以标准 JSON 模式存储。最终,这意味着没有任何东西会被锁定在只有使用Prism 才能访问的文件中。

透明度是关键

验证科学成果是任何研究项目的关键组成部分。这通常意味着重新创建或重复已完成的工作,使用相同的实验条件、相同的数据收集方法和相同的分析程序来重现相同的结果。遗憾的是,无法再现结果--尤其是在生物、生化和生物医学研究领域--已成为一个普遍问题,被称为 "再现性危机"。重要的是,这个问题往往与结果是否 "正确 "无关。相反,问题在于数据收集和分析方法缺乏透明度。当这些信息不可用或不完整时,即使对实验过程稍作改动,也会导致结果大相径庭(因而不可再现)。这也是我们选择将Prism 过渡到更开放的文件格式的另一个原因:每项分析的每个选定选项都可以随时与每个参数和计算分析结果一起提供。您的Prism 文件将提供您的分析工作从输入数据到最终结果和可视化的清晰脉络。

拥抱 FAIR 意识形态

2016 年,《自然-科学数据》(Nature's Scientific Data)杂志发表了一篇题为 "科学数据管理和监管的 FAIR 指导原则"的文章,介绍了 FAIR 数据原则的概念。这些原则的目标对象是提高科学数据的可查找性可访问性可互操作性可重用性,这反过来将有助于提高使用数据开展的任何工作的可重复性。在向新文件格式过渡的过程中,我们接受了 FAIR 思想的大部分内容。Prism 文件的任何组件(数据、分析参数或结果)都可以在我们的文件结构中找到,并可以以任何所需的后续方式重新使用。

 

我现有的工作怎么办?

无论您是刚刚开始使用Prism ,还是已经使用了几十年,我们都知道保留对结果的访问权限有多么重要(毕竟,这也是我们当初选择迁移到新文件格式的原因!)。因此,我们绝对不希望您无法访问以旧版文件格式(扩展名为 .pzfx 或 .pzf 的文件)生成的Prism 文件。但我们也想确保引入新文件格式时尽可能做到无缝衔接。

因此,我们在Prism 10 中引入了"兼容模式"。从本质上讲,Prism 10 将允许您在兼容模式下打开旧格式的文件,而不会发出警告或提示。在兼容模式下打开文件不会对您造成任何限制:您仍然可以使用Prism 10 提供的所有功能。重要的是,当你选择保存文件时,Prism 会自动检查以确保文件仍与现有文件格式兼容。如果不存在兼容性问题,Prism 将按照您的预期保存文件。如果存在任何与旧文件格式不兼容的新功能或特性,Prism 将列出这些问题,并为您提供如何继续操作的选项(包括以新的 .prism 文件格式保存文件)。这些变化确保您可以无缝过渡到使用我们的新文件格式,而不必担心您现有的所有工作会有何变化。

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