仅当两个模型“看到”完全相同的数据集时，比较模型才有意义，这令异常值消除与模型比较的结合变得很棘手。Prism会自动处理此类情况。

如果选择自动排除异常值（在“方法”选项卡上），则Prism首先分别对各模型进行拟合，以确定哪些点（如有）为异常值。随后，其从任一模型中移除所有定义为异常值的点，并再次拟合两个模型，它使用这些拟合的平方和，以及df来执行比较。该法确保完全相同的点适合两个模型，并排除任一模型的异常值。