根据三元复合物模型,拟合变构调节剂结合的“竞争”曲线。注意,该模型假设变构调节剂过量,因此不会因为与受体结合而耗尽。由于变构调节剂结合与放射性配体不同的位点,因此术语“竞争”并不恰当,但我们在这里列出该术语的原因是实验设计与竞争结合所用的相同。
创建一张XY数据表。将未标记调节剂浓度的对数(单位为nM)输入X,并采用任何简便单位将特异性结合输入Y。
在数据表中,点击“分析”,选择“非线性回归”,选择“竞争结合方程”窗格,然后选择“变构调节剂滴定”。
根据您的实验设计,您必须将两项参数限制为常数值:
•RadioligandNM为标记配体的浓度(nM)。整个实验使用单一浓度的放射性配体。
•HotKdNM为标记配体的平衡解离常数(nM)。
还考虑将Y0(在没有调节剂的情况下,放射性配体结合)限制为常数值。
AlloNM=10^(X+9)
KbNM=10^(logKb +9)
alpha=10^logAlpha
KAppNM=HotKDnm*(((1+(AlloNM/KBNM))/(1+alpha*(AlloNM/KBNM))))
HotOccupancy=RadioligandNM/(RadioligandNM+HotKDnm)
Y=(Y0/HotOccupancy)*(RadioligandNM/(RadioligandNM+KAppNM)
Kb 是调节剂结合的平衡解离常数(摩尔)。
α 是 三元复合物常数。α=1.0时,调节剂不会改变结合。如果α小于1.0,调节剂会减弱配体结合。如果α大于1.0,调节剂会增强结合。
Y0 为没有调节剂的情况下的放射性配体结合。请考虑将其限制为一个常数值。
该模型设计用于分析未标记化合物通过变构位点起作用时的数据。由于标记和未标记配体通过不同的位点起作用,因此将这些类型的实验称为“竞争结合分析”并不合适(也不正确)。事实上在某些情况下,变构调节剂增强了放射性配体结合。
该模型是为拟合α的对数(而非α本身)而创建。这是因为α不对称(从0到1的所有值均意味着调节剂减弱结合,而从1到无穷大的所有值均意味着调节剂增强结合。在对数标度上,其值更加对称,因此在对数标度上计算的置信区间(如Prism所计算)更精确。
Y轴绘制了特异性结合曲线。即使抑制剂浓度非常高,特异性结合也不会降至零。这就是变构抑制的本质。如果α非常高,则结合几乎抑制到零。如果α不是很高,则最大抑制率更为适当。例如,如果α=3,则最大抑制率降至33%。
该模型假设变构调节剂过量,因此您添加的浓度非常接近其自由浓度。变构调节剂的浓度有限时(如G蛋白改变与许多受体结合的激动剂时),该模型不适用。没有明确的模型可处理这种情况。您需要使用隐式方程(等号两边均为Y)来定义该模型,而Prism不能处理此类方程。
A. Christopoulos和T. Kenakin,Pharmacol,版本54:323-374,2002