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作为常用成对比较功能的替代方法,功能,在Prism中,适当分析绘制的数据之后,可为图表添加精简字母显示(CLD)。如需访问该功能,只需单击位于工具栏绘图部分的工具栏按钮(或者在查看图表时,从“插入”菜单中选择菜单项“精简字母显示”)。

CLD Toolbar

什么是CLD以及符合解读CLD?

对于未使用括号且未带星号或P值的图表,CLD可作为显示多个成对比较结果的替代方法。此时,向每个研究组分配一组字母(或数字)。可为每个研究组分配多个不同字母,但每个研究组至少会分配到一个字母。通过使用这些字母,可以比较任意两个组。如果两组共用一个字母,则表明其之间成对比较P值小于指定的α水平。换言之,假设使用α的标准值(即,0.05),则对于任意两个共用同一字母的研究组,可确定计算得到两组的比较P值不小于0.05。

有关成对比较的可视化和表格输出示例,请下文,这些示例有助于进一步理解该概念:

CLD Two-way ANOVA

 

Tukey多重比较检验

预测(LS)均值差

差值95.00% CI

是否小于阈值?

摘要

调整后P值

 

 

 

 

 

 

血清饥饿:野生型细胞 vs. 血清饥饿:GPP5细胞系

-54.90

-69.60至-40.20

****

<0.0001

血清饥饿:野生型细胞 vs. 血清饥饿:GPP7细胞系

-42.50

-57.20至-27.80

****

<0.0001

血清饥饿:野生型细胞 vs. 正常培养:野生型细胞

14.10

-0.5971至28.80

ns

0.0652

血清饥饿:野生型细胞 vs. 正常培养:GPP5细胞系

8.500

-6.197至23.20

ns

0.4882

血清饥饿:野生型细胞 vs. 正常培养:GPP7细胞系

-4.100

-18.80至10.60

ns

0.9509

血清饥饿:GPP5细胞系 vs. 血清饥饿:GPP7细胞系

12.40

-1.457至26.26

ns

0.0978

血清饥饿:GPP5细胞系 vs. 正常培养:野生型细胞

69.00

55.14至82.86

****

<0.0001

血清饥饿:GPP5细胞系 vs. 正常培养:GPP5细胞系

63.40

49.54至77.26

****

<0.0001

血清饥饿:GPP5细胞系 vs. 正常培养:GPP7细胞系

50.80

36.94至64.66

****

<0.0001

血清饥饿:GPP7细胞系 vs. 正常培养:野生型细胞

56.60

42.74至70.46

****

<0.0001

血清饥饿:GPP7细胞系 vs. 正常培养:GPP5细胞系

51.00

37.14至64.86

****

<0.0001

血清饥饿:GPP7细胞系 vs. 正常培养:GPP7细胞系

38.40

24.54至52.26

****

<0.0001

正常培养:野生型细胞 vs.正常培养:GPP5细胞系

-5.600

-19.46至8.257

ns

0.8059

正常培养:野生型细胞 vs. 正常培养:GPP7细胞系

-18.20

-32.06至-4.343

**

0.0055

正常培养:GPP5细胞系 vs. 正常培养:GPP7细胞系

-12.60

-26.46至1.257

ns

0.0894

首先关注“血清饥饿:GPP5细胞系”和“血清饥饿:GPP7细胞系”组。从图中可以看出,两组均分配字母“A”。由于两组共用同一字母,因此预计两组之间的成对比较P值大于α值(在本例中,取0.05)。在表格中,可以观察到该情况,且对于该比较,调整后P值为0.0978。

或者,可以关注下 “血清饥饿:野生型细胞”组。该组分配到字母“B”和“C”,即,该组与其他任何包含字母“B”或“C”的研究组之间的比较P值应大于指定的α值(0.05)。例如,如果将该组与分配到字母“C”的“正常培养:野生型细胞”组进行比较,可以发现,调整后P值为0.0652。类似地,与分配到字母“B”的“正常培养:GPP7细胞系”组进行比较时,相应的P值为0.9509。然而,如果与分配到字母“A”的“血清饥饿:GPP5细胞系”组进行比较,预计P值将小于指定的α值(原因在于两组未分配到任何相同字母)。事实上,该比较的调整后P值<0.0001。

为何使用精简字母显示显示方案

如果CLD仅显示所有多重比较的摘要,为何不使用成对比较Prism内置的功能?主要原因之一在于降低图表的复杂性和混乱。考虑对上述图表使用CLD vs.成对比较的情况:

CLD Two-way ANOVAPC Two-way ANOVA

显然,相对而言,使用CLD可大幅减少图表中显示的内容数量,从而使图表更容易解读。但请记住,部分读者可能不太熟悉CLD,因此可能需要提供更多解释,以确保正确解读结果。

哪些分析支持精简字母显示?

仅当将每个研究组与其他所有各研究组进行比较时,精简字母显示才有意义。因此,CLD可用于以下情况:

采用多重比较方法的单因素方差分析(及其所有变体,包括成对/非成对、参数/非参数方差分析)“将每列的平均值(秩)与其他每列的平均值(秩)进行比较”

采用多重比较方法的双因素方差分析“在不区分行和列的情况下比较单元格平均值”

请注意,完成t检验之后,可以但不建议在数据图中添加CLD,原因在于CLD提供的信息量或直观性均不如添加数字P值或摘要星号的成对比较功能。

格式化精简字母显示对话框

执行适当分析(或者基于旧版Prism重新计算适当分析)之后,首次点击CLD工具栏按钮时,将自动在图标中添加CLD。大多数时候,这便是您所需执行的所有操作!

但如果您想要自定义CLD的外观,则第二次单击工具栏(或双击其中一个CLD字母),将显示“设置成精简字母显示格式”对话框。

Format CLD Dialog

 

选择需在图表上显示的分析

Prism只能显示一项分析的CLD。如果已对图表数据进行多次适当分析(但不太可能),则需要确定哪项检验包含您希望用于生成CLD的比较。

标注放置

该选项用于指示您是否希望在数据(数据条、符号、误差线等)正上方添加CLD字母),还是在绘图区域之外添加CLD字母。请注意,如果选择使用第二个选项,则将仅有一个标注方向选项(见下文)。下文使用上述图表,给出两个标注放置选项的示例:

CLD Two-way ANOVACLD outside graph area

请注意,在第二种变体中,标注排列方式致使每个字母位于同一“高度”(或同一行)。当研究组的数量十分庞大时,将易于通过扫描给定行,查看其他哪些研究组与任何给定研究组共享(或未共享)某字母。

标注方向

基于这些控件,可以指定CLD标注的文本方向。Prism将尝试基根据多种因素(包括研究组的数量、图表大小等),自动确定方向。或者,可从以下选项之一手动选择标注方向:

水平

垂直(向上)

垂直(向下)

堆叠

请注意,如果选择将标注置于图表区域之外的标注位置(见上文),则只能选择“堆叠”这一标注方向。

标注标识符

基于这些控件,可选择大写字母(A,B,C...)、小写字母(a,b,c...)或数字(1,2,3...)用作CLD标注。请注意,Prism默认使用大写字母,但小写字母同样常见。数字则很少使用。

标注格式

基于这些控件,可以指定CLD标注的字体、大小和颜色。请注意,如果选择“自动确定字体”选项,则Prism将根据可用空间量(基于研究组数量、图表大小等),自动更改标注的大小。

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