三因素方差分析（又称“三因子方差分析”）可决定一个反应如何受到三个因素的影响。例如，您可在两个时间点，比较男性和女性对药物和安慰剂的反应。药物治疗是一个因素，性别是另一个因素，时间是第三个因素。药物是否影响反应？按性别？按时间？这三者是否交织在一起？这是三因素方差分析可回答的问题。